Что делать, если не прошел мед. комиссию?

Не сможешь. для того чтобы смочь, нужно обладать некоторыми "связями", чтобы то учреждение, где ты проходил, привлекло "другого" специалиста, но будь у тебя связи, они б тебе так поставили, и ты бы тут не спрашивал.. я тебе тезисно накидаю, расписывать целиком статьи-долго.

приказ минздравсоцразвития россии от 31 августа 2007 г. n 569 "об утверждении порядка проведения аттестации рабочих мест по условиям труда"

19. периодические осмотры проводятся на основании поименных списков, разработанных на основании контингентов работников, подлежащих периодическим и (или) предварительным осмотрам (далее - поименные списки), с указанием вредных (опасных) производственных факторов, а также вида работы в соответствии с перечнем факторов и перечнем работ.
21. список контингента, разработанный и утвержденный работодателем, в 10-дневный срок направляется в территориальный орган федерального органа исполнительной власти, уполномоченного на осуществление федерального государственного санитарно-эпидемиологического надзора по фактическому месту нахождения работодателя.
23. поименные списки составляются и утверждаются работодателем (его уполномоченным представителем) и не позднее чем за 2 месяца до согласованной с медицинской организацией датой начала проведения периодического осмотра направляются работодателем в указанную медицинскую организацию.

24. перед проведением периодического осмотра работодатель (его уполномоченный представитель) обязан вручить лицу, направляемому на периодический осмотр, направление на периодический медицинский осмотр, оформленное в соответствии с пунктом 8 настоящего порядка.

25. медицинская организация в 10-дневный срок с момента получения от работодателя поименного списка (но не позднее чем за 14 дней до согласованной с работодателем даты начала проведения периодического осмотра) на основании указанного поименного списка составляет календарный план проведения периодического осмотра (далее - календарный план).
календарный план согласовывается медицинской организацией с работодателем (его представителем) и утверждается руководителем медицинской организации.

вам может помочь вот этот пункт:

39. центры профпатологии и другие медицинские организации, имеющие право на проведение периодических осмотров, на проведение экспертизы профессиональной пригодности и экспертизы связи заболевания с профессией, при проведении периодического осмотра могут привлекать медицинские организации, которые имеют право в соответствии с действующими нормативными правовыми актами на проведение предварительных и периодических осмотров и экспертизы профессиональной пригодности.

но-зачем это нужно врачам? без знакомства они на это не пойдут..