Почему не оплачивается больничный лист?

А потому что неправильно сказали на работе.
обратимся к закону.
во-первых, согласно статье 256 трудового кодекса работница, вышедшая в период отпуска по уходу за ребенком до 3 лет на работу в режиме неполного рабочего времени сохраняет право на получение пособия по уходу за ребенком.
во-вторых, если женщина работает в режиме неполного времени, находясь при этом в отпуске по уходу за ребенком, больничный лист ей выдается на общих основаниях и его расчет также производится на общих основаниях (порядок выдачи медицинскими организациями листков нетрудоспособности).
в-третьих, закон № 255-фз «об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством» устанавливает, что уход за ребенком и болезнь - это разные основания для выплаты пособия.
в-четвертых, тот же закон предусматривает, что пособие по болезни не оплачивается только в том случае. если приходится на период, когда работник и так не работает. других оснований для отказа не имеется. вы - работаете (хотя и в режиме неполного времени).
таким образом: хотя вы и находитесь в отпуске по уходу за ребенком до 3-х лет, больничный лист вам оплатить должны, так как вы одновременно работаете в режиме неполного рабочего времени. пособия по больничному листу и по уходу за ребенком - разные, и одно не отменяет другого.
единственное ограничение: в случае болезни ребенка до 7 лет оплачивается только 60 дней больничного в год. но я сильно сомневаюсь, что с начала 2016-ого уже прошло более 60 дней.
бухгалтер не прав - больничный обязаны оплатить.