Может ли являться запись телефонного разговора - 100% доказательством в суде по серой зарплате?

Ни одно доказательство не должно иметь для суда заранее установленной силы (гпк).

как вам верно сказали, нужно экспертиза - но никто вам не даст гарантии, что на основании этого доказательства суд примет решение в вашу пользу. хотя безусловно, при наличии заключения (что на звукозаписи руководитель или иное лицо, являющееся вашим непосредственным руководителем говорит о размере вашей зарплаты), шансы, что суд примет "нужное" решение повысятся.