Насчитали декретные выплаты по минималке. почему?

Учебный год в 2013 г. - это с сентября по декабрь 2013 г. ? ну, так разделили зарплату за этот период на 731 к. д. , получились ваши "100% зарплаты" меньше, чем при расчете по мрот, вот вам и назначили пособие из расчета мрот. зарплата текущего года в расчет не включается. а до сентября 2013 г. вы или не работали, или не предоставили справки ф. 182н с прежних мест работы за 2012/2013 г.
формула расчета пособия по бир в 2014 г. :
(з/пл 2012 + з/пл 2013) / (731 - дни больничных) х 140
а в вашем случае:
(0 + з/пл за несколько месяцев 2013) / (731 - дни больничных) х 140