Кто должен подписывать изменения к трудовому договору с гендиректором ооо, пояснение ниже

Оклад гендира устанавливается трудовым договором с ним. следовательно, в данном случае при изменении оклада требуется либо перезаключить трудовой договор, либо составить к уже имеющемуся договору - доп. соглашение о изменении зп гендира. и в том и другом случае подписантом будет выступать единственный участник общества - в вашем случае это физ. лицо (при условии, что переход доли физ. лицу произошел).