Нужна помощь юриста

Добрый день. у моего работодателя есть несколько организаций, я работаю в одной, а официально в другой и то туда они меня устроили задним числом, потому что им срочно надо было. и когда я спросила у бухгалтера свою официальную зарплату, то получила ответ "оклад -12130руб, районный коэф. - 20%-2 426руб., северная надбавка-20%- 2 426руб. итого: 16 982руб." так вот, в чем вопрос, в этих надбавках. потому что я получаю зарплату по факту сколько часов я отработала и зарплата у меня, скажем так, серая, потому что получаю я намного больше и мне показалось, что на мне, грубо говоря наживаются, потому что налоги списывают каждый месяц с зарплаты, а как мне говорили, то их должен оплачивать работодатель. и так же медкомиссию в клинике оплачивают они, но потом с зарплаты снимают.
скажу, что в этом вопросе я полный профан и ничего не понимаю, поэтому прошу дать какой-то ответ. возможно, так и должно быть, но опять-таки я не разбираюсь в этом