!помогите: увольнение на больничном

Добрый день! помогите разобраться.
работаю поваром в кафе быстрого питании меньше полугода (3 месяца). зарплата выплачивается два раза в месяц таким образом: за период с 1 по 15 мая зп выплачивается 31 мая, за период с 15 по 31 мая - 15 июня. каждый месяц из зп должны вычитаться недостачи, но программа у работодателя не работает и потому недостачи высчитывают вручную спустя 2-3 месяца (за май посчитают в сентябре). если человек увольняется до того, как будет пересчитан месяц, с него снимают по 1000 рублей автоматически.
ни один месяц моей работы ещё не пересчитали, при увольнении спишут порядка 4 тысяч за недостачи и около 3 тысяч за оформление моей мед. книжки. очень не хотелось бы терять зарплату за половину месяца мая, которую они с лёгкостью спишут - ведь выплачивается она по схеме, описанной выше.
хочу уволиться и взять больничный, чтобы возместить вычитаемые средства. но как правильно это сделать? сначала взять больничный и позже написать заявление по собственному? или написать заявление и в течении двух недель отработки «заболеть»? очень надеюсь на подробные ответы и квалифицированную помощь.