У моего директора не зарегистрирован ип, куда подавать жалобу?

Если вы работаете, а не рабствуете, то с вами должен быть заключен трудовой договор.
если такового нет - проблемы ваши, у директора может и не быть ип, напротив, может быть ооо.
жаловаться можно куда угодно, начиная от прокурора, заканчивая президентом.
в следующий раз, устраиваясь на работу, требуйте заключения с вами трудового договора.