Имеет ли право председатель комиссии по стимулирующим выплатам

Практически работа любого коллегиально органа выглядит так: кто-то из членов комиссии, возможно и председатель, готовит проект решения (в вашем случае - суммы стимулирующих выплат, основываясь на положении и таких выплатах). затем собравшейся комиссии предлагается этот проект на обсуждение. итог обсуждения подводится голосованием, после чего составляется решение комиссии.
собирать комиссию без предварительно подготовленного проекта - путь к бесполезно длительному "базару" вместо делового разговора.